Задачи Центра: - проведение своевременной, достоверной, квалифицированной, диагностической работы по определению вирусных, бактериальных, паразитарных болезней животных, химико-токсикологических, радиологических и других исследований, а также ветеринарно-санитарной экспертизы продуктов (сырья) животного и растительного происхождения в соответствии с нормативными правовыми актами, техническими регламентами и вступившими в установленном законом порядке в силу международными договорами, участницей которых является Кыргызская Республика; - совершенствование методов диагностики заболеваний животных и управление работой территориальных ветеринарных лабораторий Центра; - оказание методической, консультативной и практической помощи государственным органам исполнительной власти, органам местного самоуправления, территориальным органам Госинспекции и иным юридическим и физическим лицам в пределах своей компетенции в решении вопросов, связанных с установлением диагноза заболеваний и организацией мер борьбы с болезнями животных, включая зооантропонозы.